Mayat Kugan dihantar ke Pusat Perubatan Universiti Malaya (PPUM) jam 7 malam dan pihak pengurusan bilik mayat PPUM bersetuju untuk menyimpan mayat berkenaan. Bedah siasat tidak dijalankan kerana tidak mendapat kelulusan daripada pihak polis. Hanya mahkamah berkuasa memutuskan kebenaran bedah siasat kali kedua. Perkara ini akan dibawa kepada Menteri di Jabatan Perdana Menteri Tan Sri Bernard Dompok dan dibincang dalam mesyuarat kabinet. [8]

Ahli Parlimen Kapar S. Manikavasagam bersama peguam keluarga (N Surendran / Gobind Singh) menemui pegawai polis di Balai Polis USJ8 untuk memohon surat kebenaran pembedahan tetapi gagal. Beliau merayu Ketua Polis Negara Tan Sri Musa Hassan membenarkan bagi memastikan kebenaran didedahkan. S. Manikavasagam bersama keluarga Kuhan dibenarkan doktor memasuki bilik mayat pada jam 9.00 dan tidak timbul isu menyerbu bilik mayat.[9] Keluarga telah menghantar memorandum kepada Ketua Polis Negara di Bukit Aman menggesa supaya tindakan diambil terhadap anggota polis yang bertanggungjawab terhadap kematian Kugan. Musa Hassan menyatakan anggota keluarga Kugan tidak sepatutnya pergi ke bilik mayat untuk melihat mayatnya kerana ia boleh dianggap sebagai mengganggu bahan bukti. Mohamed Azharuddin Abdul Ghani selaku pegawai perubatan (MO) telah membuat laporan polis kerana keluarga menyerbu bilik mayat , mayat tidak lagi berbaju dan darah menitik di lantai.[10][11]

Pada 24 Januari 2009, peguam Gobind Singh Deo yang juga ahli Parlimen Puchong menyatakan bedah siasat kedua akan dijalankan pada jam 9.00 pagi hari Ahad 25 Januari 2009 di Pusat Perubatan Universiti Malaya. Perbincangan telah diadakan antara UMMC , Bukit Aman dan Balai Polis Subang Jaya. [12] Prosedur ini mengambil masa 8 - 9 jam.